С момента легендарной битвы в Египте прошло три года. Автоботы стали героями, участвуя в совместных с человечеством спецоперациях по всему миру, предотвращая новые угрозы. Казалось, хрупкий мир на Земле окончательно установлен. Сэм Уитвики, переживший величайшие приключения своей жизни, пытается найти своё место в обычном мире — он ищет работу, в то время как его новая девушка, Карли, строит карьеру в крупной корпорации.
Однако настоящее потрясение ждёт человечество, когда становится известно, что истинная причина космической гонки 60-х годов прошлого века была совершенно иной. Миссия «Аполлон-11» была предпринята не для научных открытий, а для расследования катастрофы инопланетного корабля на тёмной стороне Луны. На его борту находился величайший технологический артефакт войны на Кибертроне — энергетические столпы, способные создать постоянный портал для межпланетной телепортации, а также последний из династии Праймов — Сентинел Прайм, легендарный создатель Автоботов и учитель Оптимуса.
Когда Оптимус Прайм воскрешает своего наставника, надеясь получить от него руководство и мудрость, жестокий обман выходит на свет. Сентинел Прайм, разочаровавшийся в своём народе, заключает сделку с Мегатроном, чтобы спасти Кибертрон ценой порабощения Земли. Его план — использовать энергетические столпы для создания моста между планетами, чтобы перенести родной мир в солнечную систему, уничтожив человеческую цивилизацию.
Десептиконы больше не прячутся. Они начинают открытое вторжение, захватывая ключевые точки по всему миру. Шоквейв и его ужасающий ручной зверь Дриллер сеют разрушение в мегаполисах, превращая города в поля сражений. Люди оказываются перед лицом предательства со стороны тех, кого считали величайшими защитниками.
Сэм, обнаруживший заговор внутри высших эшелонах власти, снова оказывается в центре событий. Ему и отряду выживших солдат «N.E.S.T.» предстоит объединиться с оставшимися верными Автоботами для последнего отчаянного броска. Им необходимо остановить развёртывание моста между мирами и дать бой на улицах Чикаго, который определит окончательную судьбу человечества. Война, которая долго шла в тени, теперь выходит на свет, и её исход зависит от мужества простых людей и их стальных союзников.
